當需要對安全柜的任何被污染的部分進行日常維護、更換過濾器，以及性能測試等工作時，必須進行消毒處理。

認證試驗和氣體消毒進行前，所有內部工作面和暴露的外表面都應用適當的消毒劑進行消毒。

此外進行認證試驗前，用生物安全級別 2級指定的藥劑，以氣態形式對整個安全柜消毒合乎要求。

當安全柜已使用過，推薦用生物安全級別 3級指定的試劑消毒。

有被生物因子污染潛在危險的安全柜移動位置時應先消毒。

另外，實驗用試劑溢出和濺出后，被污染的表面應進行適當的消毒。

大部分需要氣體消毒的情況下，后面所述的程序使用解聚的多聚甲醛作消毒劑。

用其他替代方法消毒前，必須給出每一型號和尺寸的安全柜的周期參數和這些參數的有效性；材料的相容性關系到備選去污劑的退化和被吸收情況，是維護安全柜完整性和消毒所需時間的關鍵因素。