生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。

WHO《實驗室生物安全手冊》提出，生物安全柜可以有效減少由于氣溶膠暴露所造成的實驗室感染以及培養物交叉污染。生物安全柜同時也能保護工作環境。 　　

事實上，生物安全柜更側重于保護操作人員和環境，防止操作的病原微生物擴散造成人員傷害和環境污染。